这些飞机向“大和”号投下了雨点般的炸弹，无数近失弹掀起了高高的水柱，却没使“大和”号遭到太大损害，没有1颗炸弹直接命中。但在30分钟后，中国飞机却对“大和”号再次造成了致命的打击，14颗炸弹直接命中了这艘超级战列舰，炸弹破坏了三层甲板，部分内部装置和高炮被炸毁，高射炮手非死即伤。“大和”号的甲板被炸的一片狼籍，血水横流。“天鲛”鱼雷机造成了的损害更是惊人。10颗鱼雷命中战舰左舷第70号肋骨处，3条击中了右舷第70，110，138号肋骨。数千吨汹涌的海水从被鱼雷爆炸撕裂开的破口涌入了舰体，增加了横倾，舰艏没入水中达4米。虽然在继续注水后，“大和”号被再度被扶正到了左倾1度，但航速却降至16节，后来又降至12节。超级战列舰和舰队的距离越拉越远，此时她已经承受了32条鱼雷，67颗炸弹，和不少于100颗近失弹的打击。
13时50分，傅仁轩将军派出的第2攻击波320架又飞抵曰本舰队上空，此时，空中、海上到处是死亡的陷阱，“大和”号彻底陷入绝境之中。一连串的爆炸声从这艘巨舰上响起，在这种近乎毁灭姓的立体攻击下，即使有再厚的装甲也无法抵挡得住。在多波次的轮番攻击下，“大和”号的右舷至少被击中40条鱼雷，甲板上被击中近80枚重磅炸弹。“大和”号超级战列舰的上部结构几乎荡然无存，燃烧着的舰体已开始向右舷严重倾倒。
在船的底舱的曰本水兵隐约听到甲板上传来的隆隆炮声，他们只知道正在遭到空袭，却不知道确切情况。由于进气管失灵，士兵们在烟熏汽蒸的机舱里无力地瘫倒在地板上，对他们来说，战斗已经结束了。鱼雷早已把船壳炸开了，可想而知，在其它漆黑的密封舱里，有很多人死命地抓着梯子的铁栏杆，也许正在黑暗中互相撕打着，竟相逃命，但他们即使爬上去也苟延不了多时，因为海水已经涌了进来，而且水位越来越高。这些人可能在失魂落魄地挣扎着，也可能是在呆呆地等死，这就不得而知了。
“大和”号开始倾斜了。飞行员们眼看着“大和”号在倾覆，航迹渐渐消失了，航速越来越慢，舰上高射炮也射击失常了，象断了水源的喷泉一般有气无力。14时20分，从舰身前部传出了一阵闷雷般的爆炸声，“大和”号上的主炮弹药库被引爆，就在“大和”号即将沉没之际，只见一道炫目的强光犹如金灿灿的朝阳喷薄而起，一股烈火浓烟冲向天空，接着就听见一声惊雷般的巨响。不一会儿，“大和”号——曰本海军的象征，渐渐地被海水淹没了，只见海面上顿时形成了一个深达近百米的大旋涡。下沉几秒钟，“大和”号弹药库又发生了一次大爆炸，从海底传出翻江倒海似的巨响，高达数百米的烟柱和水柱直冲云霄，声消烟散之后，就什么也看不见了……“大和”号被炸得荡然无存，舰上官兵无一幸免，一切到此结束了。周围的曰本驱逐舰一哄而散，中国飞机任其逃逸，不屑追击。也许他们觉得留下几个见证人更为妥当，好让他们回曰本去讲讲这场戏的最近一幕。
曰军的巡洋舰和驱逐舰调头拼命向北逃去。华军航空母舰上的官兵们都以为自己是在作梦。如果没有这种绝路逢生的亲身经历，是不会真正理解什么叫“希望”，什么叫“欢乐”的。激动之余，官兵们却不由自主地伤感起来。方先英少将后来在海战报告中写道：“上苍一直在保佑着我们。”
飞机上的电报接踵而至：“曰舰队向北航行……，向北航行……，向北……。”不仅巡洋舰在向北开，整个曰本舰队都向北驶去了。
接着飞行员们看见了庞大的“武藏”号被华军飞机扔下的鱼雷和炸弹击沉了，那是一个令人难忘和发人深省的场面。那些尚未来得及投出机载炸弹、鱼雷的华军攻击机，转而把怒火发泄到“武藏”号和曰本舰队的其他战舰上。一顿狂轰滥炸，华军机群全部卸光了身上的“包袱”。包括武藏舰在内的全部曰本舰队官兵此刻都在咒骂着应该为他们提供空中掩护的航空部队。
但曰本飞机始终没有出现，而华军飞机却再次光临。14时45分，325架中国飞机对“武藏”号发动了又一轮攻击。此时，脱队的“武藏”号大部分高射炮已经不能使用，变成了一只任人宰割的垂死恐龙，虽然靠着舰艇后部残存的高射炮，曰本人打下了约30架中国鱼雷机。但这阻止不了更多的中国飞机在飞行员熟练的艹纵下实施攻击。“武藏”舰又吃了31条鱼雷，19条打中了左舷，其中5条几乎打在同一个位置上，也就是第140号肋骨，其他被命中的有第40、60、75、125、145、165号，2条打中右舷的第80、105号肋骨。30余颗炸弹直接命中上层建筑，将其完全破坏，另有上百颗近失弹落到了战舰附近，巨大的水柱覆盖了山一般巨大的战列舰，使护航的“清霜”号驱逐舰航速一下子由36节降至20节。“武藏”号的第2号主炮塔顶部被击中(自然没有被穿透)，高射炮弹药库进水。位于舰桥顶端的防空指挥所也被击中(第一舰桥与作战室起火)，在上面进行指挥的舰长猪口敏平少将右肩受伤，高射炮长广濑荣助少佐被击毙。第一舰桥内的航海长也被打死。整个舰桥内一共死伤了78人。战列舰的指挥暂时失灵。这时，呆在第二舰桥内(这里是战列舰的预备指挥所)的副舰长加藤宪吉大佐接过了指挥权。但没过多久，受伤的猪口却来到第二舰桥继续指挥。此时，舰体左倾已达10度，在向右舷注水后也只能勉强恢复到6度。舰艏下沉8米，只有安装着巨大菊纹章(直径4米)的顶端还冒在上面。
为了挽救这只垂死的超级海上钢铁巨兽，作为一种比较现实的选择，他下令战列舰争取在附近海岸抢滩。排水量16万吨的庞大战列舰体内已经灌入了65000多吨海水。由于机械室被淹，武藏舰上的电力已经消失。多个主机舱都已经灌满了海水，只剩1个还在运行。为保持平衡，全体舰员和能够搬的东西都被集中到了右舷，舰艏几乎淹没。
“武藏”号调转回头，随着夜色的临近，这种气氛得到了加重。由于在转向过程中艹舵过急，已经千疮百孔的战舰几乎倾覆，情况进一步恶化。战列舰向左横倾12-14度，航速降至6节，机器全部无法使用。“武藏”号在缓缓下沉，海水已经没过了前甲板，淹至第一号主炮塔处。猪口终于意识到他的战舰已经无法保全了，于是命令各指挥官来到第二舰桥集合。由于舷梯被炸坏，这些人只能使用应急网来到里面。在已经很难站直身体的舰桥内，有贺将此前他刚刚写完的遗书交给副舰长加藤宪吉(在遗书中，这个大舰巨炮的崇拜者承认了他的失败，并向他的国家请罪)，并名令他率全员撤离即将沉没的“武藏”号。猪口本人则留在了第二舰桥内，已经准备好和硕大无朋的“武藏”号共存亡。