虽然武穆军校、教导大队临时配备的重武器不是很充足，但是大部分都是身经百战的老兵，战斗力极强，很快将占有人数优势的鬼子冲散，致使鬼子只能在西山之外与武穆军混战。

赵大虎见局面发展到如此地步，趁势命令长兴守备营、广德守备营、西山守备营、吴兴一线的魏文扬游击纵队全线反击，彻底歼灭鬼子第十二独立混成旅团。

周二狗、赵大虎、向青云、欧阳城坐在西山总司令部，对各条战线进行汇总、分析、研判：西山南面，鬼子第十二独立混成旅团已被分割包围，问题不大；常州鬼子第十一独立混成旅团在飞机掩护下已攻进常州城，金坛守备营已经进入常州城参与反击，第三步兵纵队的炮兵营和一个步兵大队也已对常州城外的鬼子展开进攻，宜兴守备营也很快就能进入常州城参与反击，局势应该是有惊无险；东线北路鬼子骑兵旅团已经退守到太仓一线，南路鬼子第二十二师团却在苏州一线固守不退，总地来说还是相持不下；西线芜湖方面王一郎虽然占据上风，但仍未拿下芜湖城，也是相持不下；南京城内鬼子已将特战队驱逐出城，稳住了阵脚，新调来的第六、第十两个旅团，作为预备队随时可以出击，进攻武穆军根据地，是周二狗、赵大虎等人的心病；还有鬼子飞机的作用还未充分发挥，也是周二狗、赵大虎等人担忧的问题，而武穆军的预备队除了野战军第三步兵纵队的两个步兵大队、联勤大队、火力大队各一部外，只有溧水一个守备营了，纵观整个儿局势，虽然武穆军在势均力敌的局面中略占上风，但是杭州的鬼子尚未参战，鬼子飞机也未全力参战，而武穆军江南部队的作战潜力已经运用的差不多了，江北的部队刚刚遭受重创一时指望不上，江南的国军部队也不可信赖。

于是，总司令部决定先全力拿下常州，然后将东线攻击部队撤回，收拢防线；西山南面战线将歼灭鬼子第十二独立混成旅团的作战目标改为击溃，以尽快结束战斗；然后集中力量拿下西线的芜湖；这样，既完成了粉碎鬼子进攻苏南根据地的战役目标，又能有所斩获。

周二狗等人担心的事同时发生了：鬼子第十独立混成旅团3个大队在炮兵掩护下向句容、茅山新四军展开进攻；第六独立混成旅团则向溧水出击；几百架飞机向常州及以东的武穆军展开高空高密度的轰炸，鬼子第二十二师团与骑兵旅团合兵一处对野战军特种兵纵队发起反击；几十架飞机掩护东南战线鬼子第十二独立混成旅团再次向西山发起进攻。

东线战场，由守备营和民兵组成的步兵部队首先在飞机轰炸、坦克碾压的冲击下产生溃败，重炮大队、装甲大队冒着鬼子的轰炸奋力反击，掩护步兵撤退。

重炮大队的105mm重炮摧毁了鬼子的炮兵联队和十几辆坦克后，炮弹打光了，重炮也被飞机轰炸得只剩下4门，牛道嘉一咬牙，命令重炮大队先行撤退，自己带领仅剩的7辆坦克、2辆装甲车躲开鬼子战车部队，向鬼子步兵冲杀过去，两个反战车营则以高射炮直射鬼子的战车联队及一切阻挡武穆军的障碍。

就在牛道嘉陷入鬼子重围弹尽粮绝时，黎甲魁带领大批苏沪游击纵队的步兵和30多辆坦克冲杀过来，再一次将鬼子部队钉在苏州一线寸步难行。

赵大虎命令柯华将常州战斗的指挥权交给端木长烟，然后在常州以南收容东线撤回的部队，沿太湖与滆湖之间的大路北端构筑防线，阻击鬼子向西山方向追击。

柯华将撤回来的重炮大队安排在武进以东，补充弹药后掩护其他部队撤退，野战医院优先在溃退回来的守备营、民兵帮助下撤向西山方向，武震的骑兵大队、牛道嘉装甲大队向常州北面的鬼子第十一独立混成旅团进攻，与野战军第三步兵纵队对鬼子形成夹攻。

武穆军很快将鬼子赶出常州城，稳住常州一线，并且得到弹药给养的补充，各部队任凭鬼子几百架次飞机的狂轰滥炸，就是再也不后退半步。

西山东南方向，第十二独立混成旅团的鬼子在飞机掩护下，勉强集结起来，向西山方向拉开进攻架势，结果是虚晃一枪，返身沿原路突围，返回嘉兴。

南京出发的鬼子在溧水被溧水守备营及增援的野战军第三步兵纵队的一个大队在茅山南侧阻住，同样陷入苦战。

泽田茂接到各部队士兵疲惫不堪、给养弹药耗尽、伤员无法照顾等等报告，意识到30多天的战斗已是各部队的作战极限，于是上报畑俊六，请求结束会战。

畑俊六知道各部队损失惨重，自己又无兵可派，只好同意撤兵。

又一场台风给双方解了围，使双方体面地撤出战斗。

周二狗得到的统计结果是：参战部队97000余人，伤亡达四分之三；重炮、坦克、装甲车、佛光飞雷、卡车等重装备损失过半，只有牛道嘉在黎甲魁的协助下缴获鬼子一批坦克、装甲车，王一郎部在芜湖港缴获了一批武器弹药。安排好部队就地警戒、休整后，接下来的问题是药品被大量消耗，急需补充储备、兵员。

经过江南江北两个主战场的近40天战斗，武穆军虽然使长江沿岸鬼子的抢粮计划完全落空，也大量杀伤了鬼子的有生力量，自己也元气大伤，损失了一半以上的作战部队，重装备损失达三分之二。周二狗等人决定暂时停止对敌作战，使根据地获得一段休养生息的时间。

可是，畑俊六屡次受武穆军挫败，决定对武穆军重点作战，彻底清除皇军占领区腹地的这个心腹之患，所以调集作战资源，要以细菌战给元气大伤的武穆军根据地来一个雪上加霜。

台风过后，烟消云散，鬼子大批飞机再次轰炸武穆军苏南根据地和武穆军、新四军的江北根据地。这次鬼子用的是细菌弹，霍乱、伤寒、鼠疫病菌随着大批老鼠、昆虫在苏南、江北传播。

夏季事宜的气候给瘟疫传播提供了极大的便利，武穆军根据地被瘟疫笼罩上愁云惨雾。

武穆军经历过细菌战，王紫微、马青翰、王长庚等人马上按防疫预案紧急动员，隔离人员流动、大面积消毒、紧急救治，一切进行的有条不紊，而且由马青翰亲自带队前往江北的武穆军、新四军根据地部署防疫。只是药品极度匮乏，好在武穆军有大批的石灰用来进行大面积的消毒，镇江是产醋名镇，大批镇江白醋经过武穆军化工厂深加工制成醋酸。

江北武穆军、新四军也抓紧建设石灰窑，用来做消毒剂，同时武穆军的摩托快艇将大批酒精醋酸及其他药品运往江北。

新四军根据地的公共卫生基础远不如武穆军根据地，在马青翰救护队指导下紧急修建大批厕所，并用石灰对粪便进行消毒，大力宣传卫生习惯，对病死的尸体进行火化、深埋、石灰消毒，总算是将瘟疫控制在一定程度。